滅菌の定義は,「無菌性保証レベル10^－6以下に到達した時」としている。この無菌性保証10^－6レベルに到達したことを証明することが必要である。そしてこれを証明するための方法が問題である。滅菌された百万個の製品について,それもロットごとに無菌試験を行い確認することは現実的な話ではない。
そこでバイオロジカルインジケーターを用いた方法の登場である。また,バイオバーデン調査において,バイオロジカルインジケーターよりも抵抗性の強い菌種が検出された場合には,それを指標菌とする。バイオロジカルインジケーターは滅菌工程での滅菌の有効性を立証する物理的なまたは化学的な方法（温度,圧力,時間,濃度,CIの結果など）と常に組み合わせて用いることが望ましい。そしてバイオロジカルインジケーターと物理的,化学的監視が満足する同一の結果を得たときにのみ滅菌工程が成功したと考えるべきである。